The use of singleplex and nested PCR to detect Batrachochytrium dendrobatidis in free-living frogs

Many microorganisms are able to cause diseases in amphibians, and in the past few years one of the most reported has been Batrachochytrium dendrobatidis. This fungus was first reported in Brazil in 2005; following this, other reports were made in specimens deposited in museum collections, captive and free-living frogs. The aim of this study was to compare singleplex and nested-PCR techniques to detect B. dendrobatidis in free-living and apparently healthy adult frogs from the Brazilian Atlantic Forest. The sample collection area was a protected government park, with no general entrance permitted and no management of the animals there. Swabs were taken from the skin of 107 animals without macroscopic lesions and they were maintained in ethanol p.a. Fungal DNA was extracted and identification of B. dendrobatidis was performed using singleplex and nested-PCR techniques, employing specific primers sequences. B. dendrobatidis was detected in 61/107 (57%) and 18/107 (17%) animals, respectively by nested and singleplex-PCR. Nested-PCR was statistically more sensible than the conventional for the detection of B. dendrobatidis (Chi-square = 37.1; α = 1%) and the agreement between both techniques was considered just fair (Kappa = 0.27). The high prevalence obtained confirms that these fungi occur in free-living frogs from the Brazilian Atlantic Forest with no macroscopic lesions, characterizing the state of asymptomatic carrier. We concluded that the nested-PCR technique, due to its ease of execution and reproducibility, can be recommended as one of the alternatives in epidemiological surveys to detect B. dendrobatidis in healthy free-living frog populations.

Répteis do Estado de São Paulo: conhecimento atual e perspectivas / Reptiles from São Paulo State: current knowledge and perspectives

Elaboramos uma lista das espécies de répteis do Estado de São Paulo com base nos registros confirmados de exemplares depositados nas três maiores coleções científicas do estado, complementando esta informação com a bibliografia disponível. Registramos a presença de 212 espécies de répteis no Estado de São Paulo, distribuídas em 23 famílias, incluindo 12 quelônios, três crocodilianos e 197 Squamata (142 serpentes, 44 "lagartos" e 11 anfisbenas). Destas, onze são endêmicas do Estado de São Paulo (Mesoclemmys cf. vanderhaegei, Amphisbaena sanctaeritae, Mabuya caissara, Mabuya macrorhyncha, Liotyphlops caissara, Liotyphlops schubarti, Corallus cropanii, Atractus serranus, Phalotris lativittatus, Bothropoides alcatraz, Bothropoides insularis). Entre os Squamata, quatro lagartos e uma serpente correspondem a espécies ainda não descritas. Destas 212 espécies, 32 estão incluídas na Lista das Espécies Ameaçadas do Estado de São Paulo, enquanto que apenas nove constam na Lista das Espécies Ameaçadas do Brasil. A riqueza de répteis atualmente registrada no Estado de São Paulo representa cerca de 30% da riqueza conhecida para o grupo em todo o território brasileiro, que abrange 721 espécies. Entretanto, concluímos que estudos mais detalhados sobre a taxonomia e a distribuição de espécies bem como os esforços de coleta em áreas com lacunas de amostragem devem ainda aumentar o número de espécies de répteis no estado.

The present study provides a list of species of reptiles known to occur in the State of São Paulo, based on specimens with confirmed localities, housed in the three largest scientific collections of the state, and published information. We registered the presence of 212 species of reptiles within the boundaries of the state that belong to 23 families and include 12 chelonians, three crocodilians, and 197 squamates (142 snakes, 44 "lizards," and 11 amphisbenians). Eleven species are endemic to the State of São Paulo (Mesoclemmys cf. vanderhaegei, Amphisbaena sanctaeritae, Mabuya caissara, Mabuya macrorhyncha, Liotyphlops caissara, Liotyphlops schubarti, Corallus cropanii, Atractus serranus, Phalotris lativittatus, Bothropoides alcatraz, Bothropoides insularis). Within Squamata, four lizards and one snake correspond to valid species that are still in need of formal description. Thirty-two species are included in the List of Threatened Species from the State of São Paulo, while only nine belong to the Brazilian List of Threatened Species. Reptile species richness for the state represents already approximately 30% of species richness known to occur in all the Brazilian territory, which includes 721 species. However, we conclude that more detailed taxonomic and distributional studies as well as more surveys targeting poorly known localities will have the effect of augmenting the number of species for the state.

Anfíbios da Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins, região do Jalapão, Estados do Tocantins e Bahia / Amphibians from Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins, Jalapão region, Tocantins and Bahia States

A porção norte do domínio do Cerrado é uma das áreas historicamente menos conhecidas com relação à sua biodiversidade. Recentemente, alguns estudos tem revelado valores de riqueza comparáveis a outras regiões dentro do domínio. A Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins (EESGT) está localizada na região do Jalapão, porção Nordeste do Cerrado, e faz parte do maior bloco de áreas protegidas neste domínio. Neste estudo descrevemos a riqueza e composição de espécies de anfíbios da EESGT, discutindo-as em um contexto biogeográfico, e caracterizamos o uso de sítios reprodutivos pelas espécies de anfíbios registradas em relação às fitofisionomias e aos tipos de corpos d'água. Utilizamos os métodos de busca ativa e armadilhas de queda, no período considerado como o auge da estação reprodutiva para a maior parte das espécies do Cerrado. Foram registradas 36 espécies de anfíbios na EESGT, totalizando 39 espécies conhecidas para a região do Jalapão. Aplicando o estimador Jackknife, sugerimos uma riqueza potencial de 42 espécies para a EESGT. A maior parte das espécies registradas é endêmica ou fortemente associada ao Cerrado, seguidas pelas espécies de ampla distribuição no Brasil ou América do Sul. A maior parte da espécies se reproduz em poças temporárias localizadas em áreas abertas, embora existam espécies que ocorrem exclusivamente em matas de galeria e utilizem corpos d'água lóticos para se reproduzir.

The Northern part of Cerrado is one of the biologically poorest known areas in the domain. Recent studies revealed richness values that are as high as those from other sites in the domain. The Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins is located in a region known as Jalapão, in Northeastern Cerrado, and it is included in the largest set of protected areas in the domain. We describe amphibian richness and species composition in EESGT, and discuss it in a biogeographic context. We also describe breeding sites focusing on phytophysiognomy and types of water bodies. We sampled amphibians through active search and pitfall traps, during the peak of breeding season for most of the anuran species in Cerrado. We registered 36 species, which coupled with former studies results in a regional richness of 39 species known for Jalapão. After applying Jackknife estimator, we suggest a potential richness of 42 species for the EESGT. Most registered species are endemic or strongly associated to Cerrado, followed by species widespread in Brazil or South America, and those associated with Caatinga. Most species breed in temporary ponds located in open areas, although there are some forest specialists, and stream-breeding species.

Répteis da Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins, Brasil Central / Reptiles of Serra Geral do Tocantins Ecological Station, Central Brazil

Os Cerrados sul-americanos abrigam alta diversidade de répteis, incluindo elevado número de endemismos. No entanto, o conhecimento desta diversidade é ainda incompleto frente à acelerada transformação das paisagens naturais no Brasil central. Constituem, portanto, uma das regiões prioritárias para estudo e conservação da biodiversidade mundial. Estudos intensivos sobre a fauna de répteis do Cerrado são necessários e urgentes para melhor compreensão dos processos que levaram à sua origem e distribuição e para subsidiar ações de conservação. Por meio de métodos padronizados, amostramos duas regiões ainda inexploradas da Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins, situada na região do Jalapão. Registramos 45 espécies de répteis para a EESGT e entorno, o que representa uma riqueza alta e comparável à de outras regiões bem amostradas do Cerrado. Curvas de acumulação e estimadores indicam que a riqueza local de lagartos e anfisbenídeos aproxima-se da riqueza real enquanto a de serpentes é subestimada. A distribuição não-aleatória das espécies na paisagem concorda com evidências anteriores sugerindo utilização diferencial dos hábitats pelos répteis. Reunindo os resultados do presente estudo com os de levantamentos prévios realizados na região, registramos 88 espécies de répteis para o Jalapão sendo oito registros novos que incluem Bachia oxyrhina uma espécie recém descrita da região. As espécies da área apresentam três padrões gerais de distribuição: (1) espécies endêmicas do Cerrado, (2) espécies compartilhadas com domínios da diagonal de formações abertas sul-americanas, e (3) espécies de ampla ocorrência, compartilhadas também com ecossistemas florestais. Prevalecem espécies de ampla distribuição, porém é grande o número de espécies típicas do Cerrado, incluindo cinco possivelmente endêmicas do Jalapão, e há contribuição importante da fauna da Caatinga. A distribuição dos répteis em escala local e regional demonstra a necessidade de considerar a heterogeneidade paisagística para o planejamento de diretrizes visando à conservação em regiões do Cerrado. Por sua grande extensão, posição biogeográfica e complexidade de relevo e tipos de hábitat, a EESGT tem papel fundamental para a preservação e conhecimento da diversidade de répteis do Cerrado.

The South American Cerrado harbors a rich reptilian fauna with high number of endemics. However, knowledge of this diversity is still incipient in front of accelerated transformation of natural landscapes, which makes the domain a "hotspot" for study and conservation of global biodiversity. Studies on the reptile fauna of Cerrado are urgently needed for a better understanding of the processes that led to their origin and distribution and to support conservation planning. We used standard methods to sample two unexplored regions of the Serra Geral do Tocantins Ecological Station (EESGT), located in the Jalapão region of the Cerrado domain. We recorded 45 species of reptiles for the EESGT and surroundings, which represents high species richness, comparable to other well-sampled regions of the Cerrado. Accumulation curves and estimators indicate that sampled richness of lizards and amphisbaenas are close to real values. However, current sampling underestimates snake richness. The non-random distribution of species in the landscape agrees with previous evidence suggesting differential use of habitats by Cerrado reptiles. Combining the results of this study with those of previous surveys conducted in the region, we recorded 88 species of reptiles for the Jalapão region with eight new records, including Bachia oxyrhina, a recent described species of this region. We found three general patterns of distribution: (1) species endemic of the Cerrado domain, (2) species shared with the domains of the South American diagonal of tropical open formations, (3) species widely distributed, also shared with forest ecosystems. Species of wide distribution prevails in the region, but there is large number of species typical of the Cerrado, possibly including five endemics to Jalapão, and there is an important contribution of the Caatinga fauna. The distribution of reptile species in local and regional scales shows the need to consider the landscape heterogeneity for adequate conservation planning in the Cerrado region. Because of the physical and biotic characteristics, EESGT has a key role in the preservation and knowledge of the diversity of Cerrado reptiles.

Vertebrados da Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins: faunística, biodiversidade e conservação no Cerrado brasileiro / Vertebrate fauna of Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins: biodiversity and conservation in the Brazilian Cerrado hotspot

Inventários e estudos faunísticos detalhados sobre vertebrados são uma das fontes mais relevantes de dados para interpretações de padrões detalhados de diversidade biológica. Dados básicos e de boa qualidade sobre faunística são ainda mais urgentes em regiões pouco estudadas e sob intensa ameaça antrópica, tais como a região do Cerrado, um dos 34 hotspots globais para a conservação da biodiversidade. Apresentamos aqui uma síntese dos resultados dos inventários de vertebrados na Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins (~716.000 ha), a segunda maior unidade de conservação em todo o Cerrado. Foram registradas 450 espécies de vertebrados na EESGT e entorno imediato, incluindo 17 espécies ameaçadas, 50 espécies endêmicas do Cerrado e 11 espécies com distribuição potencialmente restrita. Do total de espécies amostradas, 180 são novos registros para a região do Jalapão. Ao menos 12 espécies amostradas foram consideradas potenciais espécies novas, das quais quatro foram descritas recentemente, a partir do material obtido no inventário. Os resultados evidenciam que a EESGT é uma das mais importantes áreas protegidas no Brasil central, contribuindo para a persistência de espécies ameaçadas, dependentes dos últimos grandes blocos contínuos de vegetação nativa de Cerrado. Nossos resultados indicam ainda que a conservação da EESGT e suas principais subunidades é crucial para a representatividade do sistema de áreas protegidas do Cerrado, protegendo potenciais endemismos restritos que aliam alta vulnerabilidade intrínseca e valor como indicadores de padrões e processos biogeográficos formadores da rica e cada vez mais ameaçada fauna Neotropical.

Basic taxonomic and distributional data on vertebrates are one of the most useful and reliable sources of information for conservation planning. Biological data are even more relevant in rich and highly threatened regions such as the Brazilian Cerrado, one of the least studied global biodiversity hotspots. Herein we provide a summary of the results of a vertebrate survey at Estação Ecológica Serra Geral do Tocantins (~716.000 ha), the second largest protected area in the Cerrado region. We recorded 450 species in EESGT and surroundings, including 17 threatened species, 50 Cerrado endemics and 11 potential restricted-range species. Our results also added 180 new vertebrate records for the Jalapão region. At least 12 species were considered potential undescribed taxa; four of these were recently described based on specimens obtained in the present study. Our results indicate that EESGT is among the most biologically relevant protected areas in the Cerrado. Proper management will favor the persistence of threatened vertebrates dependent on the last remaining large blocks of pristine Cerrado savannas. Moreover, EESGT and its major biological subunits contribute decisively to the representativeness of the reserve system in the Cerrado, conserving presumed narrow endemics with high intrinsic vulnerability and high potential value as indicators of biogeographic processes of diversification in rich and complex Neotropical biotas.

Karyological study of Amphisbaena ridleyi (Squamata, Amphisbaenidae), an endemic species of the Archipelago of Fernando de Noronha, Pernambuco, Brazil

The karyotype of Amphisbaena ridleyi, an endemic species of the archipelago of Fernando de Noronha, in State of Pernambuco, Brazil, is described after conventional staining, Ag-NOR impregnation and fluorescence in situ hybridization (FISH) with a telomeric probe. The diploid number is 46, with nine pairs of macrochromosomes (three metacentrics, four subtelocentrics and two acrocentrics) and 14 pairs of microchromosomes. The Ag-NOR is located in the telomeric region of the long arm of metacentric chromosome 2 and FISH revealed signals only in the telomeric region of all chromosomes. Further cytogenetic data on other amphisbaenians as well as a robust phylogenetic hypothesis of this clade is needed in order to understand the evolutionary changes on amphisbaenian karyotypes.

Composição, uso de hábitat e estações reprodutivas das espécies de anuros da floresta de restinga da Estação Ecológica Juréia-Itatins, sudeste do Brasil / Species composition, habitat use and breeding seasons of anurans of the restinga forest of the Estação Ecológica Juréia-Itatins, Southeastern Brazil

Apresentamos aqui dados sobre a composição de espécies, o uso de hábitat e as estações reprodutivas dos anuros da floresta de restinga da Estação Ecológica Juréia-Itatins, sudeste do Brasil. Entre fevereiro e dezembro de 1993, foram realizadas visitas mensais à área de estudo, com permanência de três ou quatro dias, totalizando 28 dias de trabalhos de campo. Três poças pré-selecionadas foram investigadas diariamente entre 18:00 e 22:30 horas, quando foi estimado o número de machos vocalmente ativos nas agregações observadas, tentando-se localizá-los visualmente em seus substratos característicos de vocalização. A fauna é composta por 20 espécies, a maior riqueza já registrada em um ambiente de restinga do Brasil. De acordo com os critérios da IUCN, oito dessas espécies possuem populações em declínio, devido principalmente à perda de hábitat. Onze espécies apresentaram machos em atividade de vocalização e reprodução nas poças monitoradas mensalmente durante todo o período de estudo; a maioria dos hilídeos apresentou segregação vertical em seus sítios de vocalização sobre a vegetação marginal. Scinax hayii e S. littoralis foram consideradas de reprodução contínua, mas o período reprodutivo da maior parte das espécies mostrou-se associado à estação chuvosa. A alta riqueza de espécies observada na área e a indicação de declínios populacionais de algumas espécies em outras regiões sugerem que a região da Juréia apresenta uma grande relevância como área de preservação de anuros.

Herein we present data on species composition, habitat use, and calling seasons of anurans from the Restinga forest of the Estação Ecológica Juréia-Itatins, Southeastern Brazil. The study site was visited monthly (3 to 4 days) between February and December 1993, a total of 28 days of field work. Three previously selected puddles were searched for anurans between 6:00 and 10:30 PM, when the number of calling males of each species was estimated and the positions of their calling sites were recorded. Anuran fauna is composed by 20 species, the highest richness ever recorded in a Brazilian restinga habitat. According to IUCN criteria, eight of these species have populations declining mainly due to habitat loss. Eleven species showed calling males in the three pools monitored during the study period; most hylids showed some vertical segregation on the marginal vegetation used as calling sites. Scinax hayii and S. littoralis were considered continuous breeders, but the calling and breeding period of most species was associated to the rainy season. The high species richness recorded and the indication of declining populations for some species outside the area suggest the E.E. Juréia-Itatins has a high potential to preserve anuran fauna.

Chromosomal banding patterns in the eyelid-less microteiid lizard radiation: The X1X1X2X2:X1X2Y sex chromosome system in Calyptommatus and the karyotypes of Psilophthalmus and Tretioscincus (Squamata, Gymnophthalmidae)

Cytogenetic studies were performed on five closely related microteiid lizards (Gymnophthalmini), three Calyptommatus species and Psilophthalmus paeminosus from the sand dunes of the middle São Francisco river in the semiarid caatinga of the Brazilian state of Bahia and Tretioscincus oriximinensis from the Brazilian Amazon region. The diploid chromosome number in Calyptommatus species was 2n = 58 in females and 2n = 57 in males due to a multiple X1X1X2X2:X1X2Y sex chromosomes system, while P. paeminosus was 2n = 44 (20M+24m): where M = macrochromosomes and m = microchromosomes) and T. oriximinensis 2n = 42 (18M+24m). A single pair of silver staining nucleolar organizing regions (Ag-NORs) characterizes all five species. Incorporation of 5-BrdU (Bromodeoxyuridine) followed by replication R-banding (RBG) karyotyping allowed the identification of the larger pairs of chromosomes through longitudinal bands and the late replicating regions. Our data reinforce the remarkable chromosomal variability that has been found in the Gymnophthalmidae and the importance of using differential staining for comparative cytogenetics within this group of lizards. Chromosomal evolution in Gymnophthalmini seems to have included chromosomal fission and fusion, pericentric inversions and variation in the amount and localization of constitutive heterochromatin and the Ag-NOR pattern. Different mechanisms of sex determination also evolved independently in this radiation.

Cytogenetic studies in six species of tropiduridae (Sauria)

Cytogenetic studies were performed on six tropidurid lizards: Tropidurus mucujensis, T hispidus, T montanus, T semitaeniatus, T spinulosus and Uranoscodon superciliosus. Conventional and differential (C- and R-bands and Ag-NORs) staining techniques were employed for the characterization of the karyotypes. The analyses were carried out in order to establish the morphological characterization of macro and microchromosomes, the R- and C-banding patterns as well as the silver staining of nucleolus organizer regions (Ag-NORs). R-banding was obtained after in vitro incorporation of 5-bromodeoxyuridine (BrdU). For some species, the banding patterns are described for the first time. All species presented a diploid number of 2n=36, with a basic karyotype constituted by 12 metacentric or submetacentric macrochromosomes and 24 microchromosomes (12M+24m). Although these species present a conservative karyotype, most of them are distinguished by the morphology of the macro and microchromosomes, by location of Ag-NORs, and by amount and distribution of constitutive hetcrochromatin. Sex determination of the XX:XY type was found in T hispidus, T montanusand U. superciliosus. The presence of species specific karyotypes in T spinulosus and U. superciliosus is suggested.

Notes on the ecology and karyotypic description of Strobilurus torquatus (Sauria, Iguanidae)

Uma populaçäo relativamente densa de Strobilurus torquatus foi encontrada em Säo José, próximo à Itabuna, Estado da Bahia, na Mata Atlântica do Brasil. Este lagarto, aparentemente raro, é um heliófilo de floresta e se alimenta de formigas que obtem em vários níveis nos troncos das grandes árvores e ocasionalmente, no chäo. O dimorfismo sexual é aparente no comprimento rostro-anal e da tíbia: os machos possuem tíbias mais longas e grossas do que as fêmeas. As fêmeas grávidas têm ninhadas de 2 a 3 ovos. Os estudos citogenéticos mostraram 2n = 36 cromossomos, caracterizados por 12 macrocromossomos e 24 microcromossomos e um mecanismo de determinaçäo do sexo XX:XY. Também säo apresentados por padröes de bandas C, localizaçäo das regiöes organizadoras de nucléolo, bandas R após tratamento in vivo com 5-bromodeoxiuridina (5-BrdU) e dados meióticos de machos